Não, absolutamente nenhum arquivo será perdido se você desvincular ou fazer o logout de sua conta.
Se você fizer logout de sua conta suas configurações atuais não serão excluídas. Assim que voltar a fazer o login em sua conta, a sincronização irá continuar.
Se você desvincular sua conta você não perderá suas configurações atuais de sincronização. Assim que voltar a fazer o login em sua conta, será necessário parametrizar suas sincronizações novamente.